La entera área de la actual prefectura de Shizuoka, en el antaño estaba dividida en tres regiones llamadas Totomi, Suruga e Izu. En el período de Edo, estas regiones estaban bajo el control directo del Shogunato, es decir los estados de Hatamoto (los partidarios directos del Shogun) y los territorios de Daimyo (lord feudal), que formaban una matriz compleja a través de todo el país.
En el período de la abolición de los clanes y el establecimiento de las prefecturas en julio de 1871, se formaron tres prefecturas dentro de Shizuoka actual; Nirayama (Izu), Shizuoka (Suruga, Totomi) y Horie (área del norte del Lago Hamanako). En noviembre del mismo año, la prefectura de Nirayama llegó a formar parte de la prefectura de Ashigara, y una nueva prefectura, Hamamatsu se estableció en Enshu.
Junto con la disolución de la prefectura de Ashigara en abril de 1876, se unificaron el antiguo Izu y la prefectura de Shizuoka, y seguidamente la prefectura de Hamamatsu con la prefectura de Shizuoka en el 21 de agosto del mismo año. De esta manera, nació la presente prefectura de Shizuoka.